Les soutenances de thèse programmées prochainement

Lisa Texier soutiendra sa thèse "Étude de la bioaccessibilité et de la biodisponibilité de polyphénols issus d’un extrait de raisin et de bleuet et de caroténoïdes issus d’un extrait de safran"

Directrices de thèse : Stéphanie Krisa et Adeline Vignault

Le vieillissement démographique est l'un des plus grands défis économiques et sociétaux du XXIe siècle. Si l’allongement de l’espérance de vie représente une avancée majeure, il s’accompagne d’une prévalence croissante des maladies chroniques. Dans ce contexte, la nutrition, en tant que facteur comportemental modifiable, ouvre la voie à des approches préventives pour promouvoir le « bien vieillir ». Certains modèles alimentaires, comme le régime méditerranéen, source de polyphénols et de caroténoïdes, ont ainsi été associés à des effets protecteurs sur la santé. S’inspirant de ces observations, l’industrie des compléments alimentaires a développé des ingrédients concentrés en ces phytonutriments afin de soutenir un vieillissement en bonne santé. Néanmoins, malgré des bienfaits documentés, la biodisponibilité de certains de ces composés demeure mal connue, ce qui limite l’identification des formes à l’origine des effets observés.
C’est dans ce contexte que s’inscrivent les travaux décrits dans ce manuscrit, consacrés à deux ingrédients : Memophenol™, un extrait de raisin et de bleuet sauvage, et Safr’Inside™, un extrait de safran. L’étude s’est concentrée sur leurs principaux polyphénols et caroténoïdes, à savoir la catéchine et l’épicatéchine pour Memophenol™, et les crocines pour Safr’Inside™. Leur bioaccessibilité a d’abord été évaluée à l’aide du modèle gastrointestinal in vitro INFOGEST 2.0. Les résultats suggèrent que la co-ingestion avec un repas favorise la préservation des composés au cours de la digestion, alors que l’administration sous forme de gélule ou de gummies n’a qu’un effet limité sur leur bioaccessibilité. Par ailleurs, le métabolisme de phase II a été étudié à l’aide d’extraits protéiques de foie humain et de rat. Les glucuronides formés in vitro à partir de la catéchine et de l’épicatéchine ont été identifiés, et leur formation a fait l’objet d’une étude enzymatique. De nouveaux métabolites dérivés de la crocétine (glucuronides et isomères) ont été mis en évidence avec les microsomes humains. Enfin, les formes métabolisées produites in vitro ont été détectées in vivo dans des échantillons sanguins après ingestion des ingrédients lors d’études cliniques, ce qui renforce la validité de notre modèle. Ces travaux mettent en évidence, pour la première fois, de nouvelles formes métabolisées de polyphénols et de caroténoïdes issus d’ingrédients commerciaux, ouvrant de nouvelles perspectives pour la compréhension de leurs bénéfices dans le cadre du vieillissement en bonne santé.

Guillaume Leleu soutiendra sa thèse "La métabolomique au service de l’authenticité des vins : analyses RMN-1H, quantifications et fusion de données"

Directeur de thèse : Tristan Richard

Le secteur vitivinicole européen génère une production de richesse importante, mais il est confronté à un problème croissant de fraudes. La falsification des vins constitue l’une des fraudes alimentaires les plus anciennes et les plus répandues à l’échelle mondiale. Dès lors, la question de l’authenticité des vins, étroitement liée à celle de la traçabilité, est une problématique majeure. Pour y faire face, il est nécessaire de disposer de méthodes analytiques robustes et fiables. Dans ce contexte, les approches métabolomiques, en particulier par spectroscopie RMN et MS, offrent des perspectives prometteuses pour renforcer le suivi de l’authenticité des vins.

L’objectif principal de ces travaux a été de développer et de valider, en vue d’une intégration aux contrôles officiels, des outils d’analyse du vin basés sur des approches de métabolomique par RMN et MS. Une méthode standardisée par RMN-1H pour l’analyse des vins, allant de la préparation des échantillons jusqu’au traitement des résultats, a été développée et validée dans le cadre d’une collaboration interlaboratoires. Cette méthode a été appliquée au suivi œnologique de l’évolution des vins au cours de leur vieillissement. Enfin, une approche par fusion de données a été explorée en intégrant des données de spectrométrie de masse à haute résolution afin de renforcer la traçabilité des vins.

Pierre Gastou soutiendra sa thèse "Sensibilité de la vigne à l'esca : exploration des mécanismes sous-jacents sur une gamme de cépages par une approche de physiopathologie"

Directrice de thèse : Chloé Delmas

Valoriser la forte diversité intraspécifique des plantes ligneuses dans les programmes de plantation et de sélection est un levier prometteur pour gérer durablement leur santé. La composante biotique du dépérissement des plantes ligneuses (sauvages et cultivées) a moins été étudiée que sa composante abiotique. Pourtant, des différences claires de sensibilité à ces stress existent entre génotypes, probablement liées à leur diversité physiologique et à leurs relations avec les microorganismes.

Dans ce travail, nous avons pris pour modèle d’étude l’esca, une pathologie vasculaire complexe, au coût économique majeur du fait de son implication dans le dépérissement de la vigne, mais aussi de la rareté et de la difficulté d’implémentation des leviers de gestion existants. Les objectifs de cette thèse, valorisant une approche intégrée de physiopathologie, sont (i) de décrire la sensibilité à l’esca et au dépérissement d’une gamme de 46 cépages de vigne cultivée (Vitis vinifera L. ssp. vinifera), (ii) d’identifier des traits variétaux associés à la sensibilité à l’esca et (iii) de comparer la réponse à l’esca de cépages de sensibilités contrastées.

Tout d’abord, entre 2017 et 2023, nous avons suivi l’incidence et la sévérité des symptômes d’esca et de dépérissement (apoplexie, mortalité) pour ces 46 cépages plantés dans un jardin commun. Nous avons identifié un large gradient variétal d’incidence des symptômes foliaires d’esca, stable dans le temps et corrélé au gradient à l’échelle française. Les cépages à faibles vigueurs et fortes efficiences d’utilisation de l’eau se sont révélés peu sensibles.

Puis, nous avons comparé les propriétés hydrauliques et anatomiques, et les réponses physiologiques à l’esca, sur un sous-échantillon de cépages. Les génotypes les moins sensibles à l’esca ont présenté les conductances stomatique et minimale foliaire les plus faibles. Nous avons identifié un syndrome de réponses à l’esca (occlusions vasculaires, assimilation et stockage du carbone réduits), commun à tous les cépages quelle que soit leur sensibilité. Nous avons démontré que l’accumulation de certains métabolites secondaires (terpènes et phénylpropanoïdes, dont des composés glycosylés) dans les tiges symptomatiques d’esca était plus intense chez les cépages les plus sensibles.

Enfin, au niveau du tronc, nous avons étudié l’influence des interactions entre le bois et les microorganismes dans l’expression de l’esca. Nous avons montré que, parmi les nécroses identifiées, seule l’abondance de l’amadou (pourriture blanche) était corrélée à l’expression de l’esca. Sa quantité dans les plantes symptomatiques est plus élevée pour les cépages les plus sensibles. Les communautés microbiennes du bois sain n’ont pas significativement varié le long du gradient de sensibilité. En revanche, le bois des cépages sensibles est appauvri en composés extractibles et marginalement enrichi en hémicellulose. Il accumule également certains phénylpropanoïdes en réponse à l’esca, quoique dans une moindre mesure que dans les tiges. 

L’ensemble de ces résultats montre que les cépages dont la physiologie favorise la dégradabilité du bois (de part sa composition), la production dérégulée de métabolites secondaires spécifiques et leur transport du tronc vers les feuilles - via le flux de sève - semblent constitutivement plus sensibles à l’amadou et aux symptômes foliaires. L'origine biologique de ces métabolites et leur dynamique spatio-temporelle dans la plante seront à explorer pour mieux comprendre le lien entre dégradation du bois et expression des symptômes foliaires d’esca. Plus largement, cette thèse démontre la forte implication du fonctionnement physiologique dans la diversité intraspécifique de la sensibilité des plantes ligneuses aux pathologies complexes. Elle ouvre la voie à d’autres études intégratives qui permettront d’identifier des génotypes résilients aux stress et adaptés aux changements globaux. 

Mots clés : diversité intraspécifique, fonctionnement hydraulique, interactions plante-microorganismes, pathologie du bois, physiologie végétale, vigne

Xi Zhan soutiendra sa thèse "Deciphering the metabolic fingerprint of grapevine berries under high temperature"

Directeurs de thèse : David Lecourieux et Nathalie Ollat

This work, conducted within the UMR EGFV (QualyGrapE team), aims to elucidate the physiological and metabolic adjustments that enable berries to respond to high temperatures (HT). Initially focused on berry redox balance under HT, the study was subsequently reoriented toward a broader metabolic characterization due to both technical limitations in enzymatic assays of berry and the inherent complexity of functional gene analysis in grapevine. These experimental constraints, however, opened a more integrative perspective for my PhD project: since metabolites act as the bridge between genotype and phenotype, they not only determine fruit quality attributes such as color, flavor, and aroma, but also play direct roles in stress perception, signaling, and defense. Consequently, metabolite profiling emerged as a powerful and biologically meaningful approach to investigate how grape berries adjust their metabolism under HT. The research comprises three main parts.

The first compares Cabernet-Sauvignon and Merlot, two cultivars differing in their putative thermosensitivity, with a focus on polyphenolic compositions. Using targeted LC-MS analyses at distinct developmental stages under controlled conditions, we established a detailed polyphenolic profile of both cultivars under varying HT durations. The second part expands this comparison through untargeted LC-MS and targeted GC-MS metabolomic approaches, capturing a broad range of primary and secondary metabolites and enabling the identification of robust metabolite markers associated with heat exposure. Finally, the study tentatively explores the functional characterization of a peroxidase gene potentially involved in redox regulation and anthocyanin degradation under HT. A CRISPR-Cas9-based strategy was developed to generate stable transgenic microvine lines for functional validation.

Together, our findings provide new insights into the metabolic remodeling of grape berries under high temperature and highlight both common and cultivar-specific adaptive responses. The identified metabolite markers offer valuable leads for developing viticultural strategies and breeding programs aimed at improving heat resilience in grapevine.

Patrick Hogan soutiendra sa thèse "Projet ANR Rambo-V, une approche rationnelle pour le développement d’un vaccin contre Mycoplasma bovis. Elle porte sur les thématiques de la microbiologie, de la biologie de synthèse et de l’ingénierie du génome bactérien"

Directeur de thèse : Pascal Sirand-Pugnet

 Ma thèse s’inscrit dans le projet ANR Rambo-V, une approche rationnelle pour le développement d’un vaccin contre Mycoplasma bovis. Elle porte sur les thématiques de la microbiologie, de la biologie de synthèse et de l’ingénierie du génome bactérien. Dans le but de mettre en place une stratégie vaccinale à partir d’un châssis synthétique, mes travaux se sont concentrés sur le développement d’outils d’ingénierie du génome de Mycoplasma bovis afin de cibler des facteurs de virulence, notamment des éléments du surfaceome susceptibles d’interagir avec le système immunitaire.

Manuel Brando soutiendra sa thèse "Préparations biodynamiques : perceptions professionnelles et analyse de leur impact sur le développement de la vigne et de la baie de raisin"

Directrice de thèse : Laurence Geny-Denis

L'agriculture biodynamique, fondée par Rudolf Steiner en 1924, découle d’une série de conférences abordant les enjeux de rendement et de santé des cultures face à l'usage croissant d'intrants chimiques. Steiner concevait la ferme comme un organisme vivant, où chaque élément — sols, plantes et environnement — interagit de manière synergique. Il préconisait l'utilisation de préparations organiques et minérales, comme la préparation P500 (bouse de corne) et la préparation P501 (silice de corne), pour soutenir la santé du sol et des plantes. Cette approche a eu un impact notable sur l'agriculture biologique et s'aligne avec les principes de l'agroécologie, visant à promouvoir des systèmes agricoles durables.

Bien que la biodynamie soit considérée comme ésotérique ou pseudo-scientifique, elle gagne en reconnaissance dans le paysage agricole : un nombre croissant de fermes adoptent ces pratiques, et les viticulteurs s'interrogent sur l'intégration de ces méthodes dans leur production.  Ce travail vise à (i) mieux comprendre la vision de la filière sur la biodynamie à travers une analyse textuelle des représentations, (ii) identifier les métabolismes impactés par les préparations biodynamiques par diverses approches, incluant des mesures de terrain et des analyses fines biochimiques et microscopiques, et (iii) rassembler des éléments factuels pour améliorer les pratiques, notamment dans le vignoble bordelais.

L'analyse textuelle révèle quatre perceptions au sein de la filière, oscillant entre curiosité et scepticisme, et souligne l'importance du respect des perspectives individuelles et des échanges entre vignerons pour instaurer un dialogue constructif.

L’application des préparations biodynamiques montre des effets variables selon les paramètres étudiés. Il n’y a pas d’influence sur la phénologie, la vigueur et l'expression végétative de la vigne, mais un ralentissement de la croissance, probablement en raison d'une régulation hydrique différente. Les vignes présentent une résistance accrue aux pathogènes grâce à une stimulation de certains métabolismes de défense. La fertilité potentielle est améliorée avec une augmentation du nombre de primordia inflorescentiels dans le bourgeon et de fleurs. En revanche, après débourrement, l'induction et l'initiation florale sont fortement régulées. Les baies et les grappes sont plus petites et plus légères, ce qui peut entraîner une réduction du rendement inférieure à 10 %.

Pour la première fois, cette étude examine l'impact des préparations biodynamiques sur la maturation de la pellicule des raisins. Une régulation hormonale modifiée et une inhibition des enzymes de dégradation des pellicules conduisent à des parois cellulaires moins facilement dégradables et à des pellicules plus épaisses, ralentissant la croissance des baies par expansion cellulaire du mésocarpe et réduisant la sensibilité des baies vis-à-vis des pathogènes. Ces effets se traduisent dans le vin par une extractibilité des composés phénoliques réduite pour la modalité biodynamique.

Directrise de thèse : Florence Richard-Forget

Margot Larose soutiendra sa thèse "Étude chimique et sensorielle des vins rouges issus du pressurage des marcs"

Directrice de thèse : Stéphanie Marchand

Les vins de presse sont obtenus lors du pressurage des marcs, une étape courante après la fermentation du vin rouge. Dans le Bordelais, ils représentent près de 15 % de la production, mais restent peu étudiés scientifiquement. Cette thèse visait à mieux comprendre leur identité à travers leur composition chimique et analyse sensorielle. L’étude a montré que les vins de presse ne sont pas de simples sous-produits, mais de véritables outils œnologiques permettant d’apporter structure et richesse tannique aux assemblages. L’analyse de plus de 350 échantillons de Merlot et de Cabernet-Sauvignon (millésimes 2021 à 2024) a été effectuée. L’analyse du concept de vins de presse détenu par les producteurs de vins a permis de proposer une description sensorielle. Ces travaux constituent une base pour mieux valoriser les vins de presse et comprendre leur rôle dans l’assemblage des grands vins de garde.

Katharina Delic soutiendra sa thèse "L'interaction Anthocyanes et protéines salivaires"

Directeur de thèse : Pierre-Louis Teissedre

Jitra-Marie Jittasevi soutiendra sa thèse "Décryptage des mécanismes de la transplantation de génomes entiers chez les Mollicutes"

Directrice de thèse : Carole Lartigue

La transplantation de génomes entiers (TG) est une technique utilisée actuellement chez des bactéries minimales de la classe Mollicutes. Elle permet d’isoler un génome donneur d’une espèce donnée puis de le transférer dans le cytoplasme d’une autre espèce, la cellule receveuse. Le résultat de ce transfert est un changement complet de l’identité du compartiment cellulaire, désormais gouverné par le nouveau génome. Il s’agit d’un outil puissant pour la construction de cellules artificielles, mais la compréhension de ses mécanismes est encore très limitée. L’objectif de cette thèse était de renforcer le modèle de la TG et d’orienter les recherches futures pour préciser son fonctionnement. Nous avons montré que l’expression dans une même cellule de deux machineries différentes d’expression de l’informatique génétique, plus précisément la transcription de l’ADN, génère des interférences pouvant réduire les chances de succès. Nous avons aussi identifié de nouveaux facteurs favorisant l’entrée du génome donneur dans la cellule receveuse.

Pei Han soutiendra sa thèse "Caractérisation moléculaire du potentiel de garde des vins de Chardonnay"

Directeur de thèse : Alexandre Pons

Manon Ferreira soutiendra sa thèse "Tanins couronnes du vin : de l’influence des pratiques œnologiques à leur caractérisation structurale et physico-chimique. Analyse de la concentration et de l'évolution des tanins couronnes dans différentes matrices œnologiques. Caractérisation structurale et physico-chimique. Etude de leurs interactions avec d’autres composés du vin."

Directeur de thèse : Michael Jourdes

Ce travail de thèse porte sur les tanins couronnes, une nouvelle sous-famille de tanins condensés, identifiée en 2015 dans le vin rouge. Une méthode analytique optimisée et validée a été développée pour leur quantification, permettant d’évaluer leur distribution au sein de différentes matrices œnologiques et leur évolution au cours des étapes de macération et de vieillissement. Une approche de purification a ensuite permis d’isoler plusieurs structures individuelles, dont la caractérisation a été réalisée par spectrométrie de masse haute résolution. Les propriétés physico-chimiques de ces composés ont été examinées, en particulier leur capacité de copigmentation et leurs interactions avec un peptide modèle salivaire. L’ensemble de ces travaux apporte de nouvelles connaissances sur la structure, le comportement et le rôle potentiel des tanins couronnes dans les propriétés organoleptiques du vin.

Claudia Nioi soutiendra son HDR "Développement de procédés éco-responsables pour la valorisation des sous-produits viti-vinicoles : approches fondamentales et applications œnologiques."