Ninon DELL'ACQUA soutiendra sa thèse intitulée "Réponse physiologique de la vigne à l'ESCA et intéractions avec l'environnement abiotique: Nutrition azotée et stress hydrique en conditions contrôlées." le 29 mai à 14h00 à l'amphithéâtre INRAE Josy Bové sous la direction de Chloé DELMAS et Gregory GAMBETTA
soutiendra sa thèse intitulée "Étude sur la biodiversité des bactéries lactiques dans les vins de distillation de Cognac"/"Study of the biodiversity of lactic acid bacteria in Cognac distillation wines." le 31 mai à 8h30 à l'amphithéâtre de l'ISVV sous la direction du Pr. Patrick Lucas
Résumé : Oenococcus oeni est une espèce de bactéries lactiques (BL) adaptée aux conditions difficiles du vin. Sa spécialisation permet la survie et la prolifération dans des environnements caractérisés par pH faible et de hauts niveaux d'éthanol, où la plupart des autres bactéries ne peuvent pas prospérer. O. oeni joue un rôle crucial dans la production de vin en exécutant la fermentation malolactique (FML) qui suit la fermentation alcoolique (FA). Durant la MLF, l'acide malique est converti en acide lactique, adoucissant ainsi le goût du vin. Le génome d'O. oeni mute plus rapidement que celui d'autres espèces de BL. Ce taux de mutation élevé est considéré comme ayant favorisé son adaptation au vin. Les centaines de souches séquencées forment 4 lignées génétiques adaptées aux différents produits : le vin (lignée A), le moût et le cidre (lignées B et C), et le kombucha (lignée D).Les vins de distillation de Cognac représentent une niche écologique spécifique pour O. oeni, en raison de leur pH bas, de la non-utilisation de sulfites, et de la période de stockage prolongée suivant FA jusqu'à la distillation. Cette thèse visait à explorer la biodiversité d'O. oeni et d'autres BL durant leur production. Le génotypage d'isolats d'O. oeni, le séquençage du génome et la qPCR des vins nous ont permis d'identifier une nouvelle sous-lignée génétique, nommée AC, qui est prédominante durant la FML (Chapitre 1).Les analyses phénotypiques ont révélé que les souches AC présentent une croissance supérieure dans des conditions acides (pH 3.0) dans le moût, comparées aux souches commerciales de la lignée A. De plus, pendant la FML, les souches AC influencent différemment le profil métabolique des vins, produisant moins de lactate d'éthyle et consommant moins de sucres résiduels que les souches A. La génomique comparative des souches AC a montré qu'elles partagent certains gènes uniques qui suggérant un métabolisme du sucre spécifique. De plus, l'analyse de la distribution des gènes d'exopolysaccharides a mis en évidence une structure génétique spécifique des souches AC par rapport aux autres souches A (Chapitre 2).La dynamique des populations d'O. oeni et de BL a été surveillée durant le stockage du vin de la MLF à la distillation par métabarcodage, phylogénomique et qPCR. La persistance des souches d'O. oeni dans les caves a également été suivie sur quatre millésimes. Les résultats ont montré qu'O. oeni restait l'espèce dominante au sein de la communauté bactérienne pendant la conservation des vins. Les souches AC étaient généralement les souches prédominantes tout au long de la conservation. Les souches AC étaient également les bactéries les plus persistantes dans les caves durant plusieurs millésimes (Chapitre 3).Des incidents de contaminations par Lactobacillus hilgardii, suggérant un potentiel de gâchis après FML, ont été observés. Étant donné que les vins de distillation sont produits sans sulfites ajoutés, ils sont sujets à la détérioration bactérienne pendant la conservation. La diversité des bactéries dans les vins de Cognac gâtés a été étudiée par protéomique (MALDI-TOF MS), génotypage (PCR utilisant la séquence M13) et analyses metabarcoding, révélant la présence d'espèces de BL telles que Lactobacillus paracasei, L. hilgardii et O. oeni à différents niveaux de population. Un opéron pdu a été identifié pour la première fois chez une souche d'O. oeni. Des gènes de cet opéron permettent la conversion du glycérol en acroléine, qui confère de l'amertume au vin. Un test qPCR a été développé pour la détection des bactéries qui portent cet opéron. (Chapitre 4).Cette étude enrichit notre compréhension de la biodiversité des BL dans les vins de distillation de Cognac, en particulier la biodiversité de l'espèce O. oeni et sa dynamique de population, ouvrant la voie à de futures stratégies visant à améliorer l'impact bénéfique d'O. oeni durant la MLF dans ces vins, et à prédire et prévenir leur détérioration, améliorant ainsi la qualité du cognac.
